2013年に高度な科学力を持つエイリアン、ヴォータンの宇宙船が地球に到着してから33年後の2046年。
惑星改造（テラフォーミング）が行われた後の地球では、６種のヴォータンを含む８種のエイリアンと地球人が共存していた。
元兵士のノーランはヴォータンの女性イリサを相棒に、地球に落下した宇宙船から物資を発掘する“箱舟探し（アークハンター）”をしているが、かつてのセントルイスである開拓地、ディファイアンスの街にたどり着く。
女性のアマンダが新市長になった街では、鉱山主の地球人マコーリーとヴォータンの実業家ターが２大勢力として対立していた。
そこへヴォルジ人の強大な軍が襲ってくる事件が発生。それを機にノーランとイリサは街に留まることになるが、街では何か陰謀が進行しているようだ。
ディファイアンスはヴォルジ人の攻撃に耐えられるのか。そもそもヴォータンが地球に来たのはなぜか。2013年からの33年間、地球で一体何が起きたのか……!?