高度な科学力を持つエイリアン、ヴォータンの宇宙船が到着し、惑星改造（テラフォーミング）が行われた後の地球では、地球人と複数の種族のヴォータンが共存していた。
元兵士の“箱舟探し（アークハンター）”ノーランは義理の娘のアイラシエント人イリサと、かつてのセントルイスである開拓地、ディファイアンスの街にたどり着いた。
ディファイアンス市長選挙では意外にも前市長のアマンダが敗れ、キャスティサン人のデイタクが勝利したが、デイタクは裏切られ、地球共和国の軍に街は支配されてしまった。
それから９カ月後の2047年。ディファイアンスは共和国から派遣されたポッティンジャーが臨時市長となり、共和国はグラナイト鉱山も所有していた。愛や欲望、対立と連帯の人間関係が新たに生まれる一方、次第に市民の間で高まる共和国への怒りと憎しみ。そして出現する、未知のヴォータン。誰も予期しなかった運命が地球規模で起きようとしていた。
一方、ノーランは消えたイリサを捜して街を出て、大都市ロサンゼルスへ。そこで再会したイリサだが、恐ろしいビジョンやもう1人の自分を見るようになっていた……!?
この「ＤＥＦＩＡＮＣＥ／ディファイアンス」シーズン2では、2013年にヴォータンが地球に到着してからこれまでに地球で起きた出来事や、登場人物たちの知られざる過去も次々と明らかになっていく――!!